一、不存在考勤制度
俗话说“没有规矩不成方圆”，企业在用工的过程中要对员工进行一定的管理和约束，其中最行之有效的手段就是要求员工按时上下班，所以考勤管理制度是必不可少的。但是，少数单位由于规模较小、刚成立或者员工几乎全为业务员等原因而不实施考勤管理，这些都直接或间接地为用工风险埋下隐患。一旦出现劳动争议，若无法提供考勤记录，则仲裁机构或法院将可能采信员工的主张，会使单位蒙受一定的损失。
二、考勤规定不明确
企业的考勤制度往往涉及工时制度、工作时间安排、加班的申请程序等，如果这些内容不够明确或与劳动合同存在冲突，同样会为劳动争议埋下隐患。譬如，企业考勤规定往往会忽视对加班的认定标准。加班是否须必须经过上级领导的审批?员工超时工作究竟是个人行为，还是公司行为?这方面问题往往是劳动争议中非常常见的争论焦点。所以，用人单位最好明确加班须经审批的程序，这样就可以避免员工因个人原因超时工作却可以索要加班费的情况发生。
三、出勤违纪处理不当
考勤管理存在的问题 公司考勤管理存在哪些弊端
某些员工在考勤的过程中可能会出现违纪的情况，常见的主要有旷工、代打卡、迟到早退等。对于“旷工”行为，并不是通常认为的只要员工无故缺席未作报告就成立的，例如员工因病休息却没有及时提交病假单就不属于旷工。因此，用人单位负有核查员工缺勤原因的义务，并尽到合理的告知义务。
公司考勤管理存在哪些弊端
1.考勤管理理念、制度需要更新
一个成功的改革往往是从理念的求变上开始的，就目前我国大部分企业员工考勤管理工作而言，管理理念方面还有诸多需要改进的地方。考勤工作一个重要的职能是管理企业全体职工，其中包括企业领导以及员工，但目前存在的现象就是视企业领导为绝对权威，官本位思想严重，缺乏透明度，且缺乏管理效率和服务意识，没有完全做到公平公正处理企业中大大小小的问题，从而引起了部分员工的不满，服务意识和办事效率都不足，这是当前存在于考勤工作中的一个严重问题。并且在相关管理部门的具体考勤工作中也存在着管理分工不明确的现象，企业在发展的过程中新业务涌现，导致业务繁多，而现今大部分存在于企业办公室的现象是工作繁细分工不明确，很大程度上处于混沌状态，再就是管理人员的职能重复导致效率降低，从而会使管理人员的积极性不高，而进一步使得管理工作进程受阻。而在实际考勤管理工作中，应该秉承以人为本的具体方针，能做到公平对待，以真诚的态度来解决企业员工的具体问题;从而营造出一个比较和谐的管理环境，并就在当前考勤管理制度上存在的一些问题进行改善，才能高效率的完成对于企业全体职工的考勤管理工作。
2.考勤系统不够科学、统一
当前部分企业的考勤管理具体操作方法还在依靠手工登记这一方式，而随着社会日新月异的高速发展，考勤系统也必须具备科学化、信息化的特点，而人工登记这一方式不能实现自动化进行员工考勤数据统计和信息查询过程，已经完全不能适应现代高度信息化、自动化的管理方法。如今科学技术高度发达，在考勤技术的变革中也产生了射频IC卡打卡考勤，指纹打卡考勤、人脸识别考勤等科学方法，它们在处理岗位部门繁多、职能范围复杂的大企业时，员工上班报到时考勤登记工作简单，并且对于员工出勤情况的考勤工作也易于实施，同时也方便管理部门查询、统计和分析等工作的进行，这样才能帮助管理人员准确地掌握员工出勤情况，从而有效地管理企业员工的工作行为。当然，由于电脑的判决能力取决与其信息系统内的数据支撑，如果单一使用电子系统来进行企业员工考勤，难免会产生一些不可避免的失误，所以应该在一定程度上辅之以手动登记方法，才能进一步保证员工考勤工作中数据统计的准确性和科学性。总之，管理人员要秉承严谨的工作态度，结合自身的不同情况和经济环境，合理制定考勤系统实施方案。
3.考勤规定不明确
如果考勤规定中存在较大的争议，有不规范的现象并有失偏颇，那么其则会严重影响到员工的工作态度和积极性。而在实际的企业员工考勤工作中，考勤制度中对于工作时间计算、工作时间安排、轮班转换等的具体条例存在着一些问题，企业和员工之间主要存在的还是雇佣关系，而工作时间方面的问题直接影响到企业员工的经济收入，如果处理不当，会大幅度降低企业运行的效率。而在当前大部分企业的考勤规定没有具体规范和制定工作时间的统计及计算方法，而由于在实际工作中轮班情况时常发生以及不同企业工作环境的差异性使得对于员工工作时间的统计和计算工作有着较大的难度，如果在这方面没有明文规定的话，将大大增加争议发生的可能性，并且使得员工的工作精神状态都不会处在积极向上的层面。而在另一方面，在企业考勤规定中，对休息时间安排的合理性没有引起管理人员的高度重视。如果员工每天工作9小时，并且没有规定休息时间，那么员工的工作状态必然得不到良好的保持，并且也会对此产生异议以及开小差等现象，这种情况下违反了考勤规定应该是制度本身的责任，而不是员工的问题，所以对于工间休息时间必须有合理明确的规定。
4.考勤信息统计不够准确，并且疏于保管
员工因病假、事假等而缺勤是常有的事，而考勤管理存在的意义就是保证对于员工请假有明确的标准，并且对于其请假原因也在记录在案，确保员工请假缘由属实。但在实际情况中，这方面的工作还不够系统和全面，如果长期缺乏相应的缺勤记录，不仅影响到了其他员工的工作状态，企业也要为缺勤员工的人身安全负上一定的责任。并且，缺勤记录应注明事由，记录上也必须要有本人签名核对，并由有关部门审核通过并签字后才能生效。这样才能有效的维持企业的工作纪律，对于旷工等不良现象才能进行有效的扼杀，而且，考勤记录的最后结果关系到员工的工资结算、休假等权益，要保证请假者事由的真实性，并由大家共同监督，并且保存好请假条，以便之后进行验证，总之要保证考勤记录的准确性和有效性。所以，要十分注意对于请假条等有关考勤记录的文件，以便产生劳资纠纷后充当有关证据，并且在员工发现考勤结果和自身情况严重不相符时，也可以拿来进行对照;但在目前的工作中，对于考勤记录文件的保护管理非常疏忽，没有成套的保存方案，这也是值得当前我们急需改进的地方，只有在大部分的工作细节上做的足够好，才能拥有一个让大多数人足够满意的结果。